Дополнительные файлы [RJEE Vol. 8 (4). 2023 – 1]

• Рис. 1. Дендрограмма филогенетических отношений гаплотипов косуль (Capreolus sp) из Пензенской области на основе анализа последовательностей контрольного региона (CR, n = 61, 934 пн, модель T92+G+I, BIC = 6512,5, InL = –2583,3) мтДНК методом максимального правдоподобия (ML). Внешняя группа – благородный олень (Cervus elaphus maral). Обозначение Cap использовано для образцов из Пензенской области. Цифры в узлах указывают на уровень бутстреп-поддержки
• Рис. 2. Дендрограмма филогенетических отношений гаплотипов косуль (Capreolus sp) из Пензенской области на основе анализа последовательностей гена Cyt b (n = 24, 1139 пн, модель TN93, BIC = 5337,8, InL = – 2412,2) мтДНК методом максимального правдоподобия (ML). Внешняя группа – благородный олень (Cervus elaphus maral). Обозначение Cap использовано для образцов из Пензенской области. Цифры в узлах указывают на уровень бутстреп-поддержки
• Рис. 3. Генетические дистанции (p-distance) между формализованными группами косуль по двум маркерам митохондриальной ДНК (CR, Cyt b). CC – европейские косули, CP – сибирские косули, CPR – косули из Пензенской области. Красным выделены минимальные дистанции
• Рис. 4a. Детализированная дендрограмма (а) филогенетических отношений гаплотипов косуль (Capreolus sp) из Пензенской области (группы A, B, C, D, E, n = 18) на основе анализа последовательностей контрольного региона (CR, n = 61, 934 пн, модель T92+G+I, BIC = 6512,5, InL = –2583,3) мтДНК методом максимального правдоподобия (ML). Внешняя группа – благородный олень (Cervus elaphus maral). Обозначение Cap использовано для образцов из Пензенской области. Гаплогруппы на дендрограмме и на карте (б): А – Камешкирский, Лопатинский, Никольский, Бессоновский, Кузнецкий р-ны; B – Камешкирский; C – Земетчинский, Лунинский; D – Малосердобинский, Пензенский; E – Кузнецкий, Сосновоборский. Цифры в узлах указывают на уровень бутстреп-поддержки. Номера точек на карте соответствуют номерам проб (табл. 1)
• Рис. 4b. Детализированная дендрограмма (а) филогенетических отношений гаплотипов косуль (Capreolus sp) из Пензенской области (группы A, B, C, D, E, n = 18) на основе анализа последовательностей контрольного региона (CR, n = 61, 934 пн, модель T92+G+I, BIC = 6512,5, InL = –2583,3) мтДНК методом максимального правдоподобия (ML). Внешняя группа – благородный олень (Cervus elaphus maral). Обозначение Cap использовано для образцов из Пензенской области. Гаплогруппы на дендрограмме и на карте (б): А – Камешкирский, Лопатинский, Никольский, Бессоновский, Кузнецкий р-ны; B – Камешкирский; C – Земетчинский, Лунинский; D – Малосердобинский, Пензенский; E – Кузнецкий, Сосновоборский. Цифры в узлах указывают на уровень бутстреп-поддержки. Номера точек на карте соответствуют номерам проб (табл. 1)
• Рис. 5. Распределние гаплотипов (n = 8) контрольного региона мтДНК (CR) косуль на терриртории Пензенской области. Серыми пунсонами с надписями красным шрифтом указаны регионально специфические гаплотипы
• Рис. 6. Распределние гаплотипов гена Cyt b мтДНК (n = 8) косуль на территории Пензенской области. Серыми пунсонами с надписями красным шрифтом указаны регионально специфические гаплотипы
• Рис. 7. Результаты генетического анализа нуклеотидных последовательностей (n = 60) участка мтДНК (CR, 1036 пн) сибирских и европейских косуль – медианная сеть гаплотипов (Hap, n = 45). Длина ветвей, соединяющих отдельные гаплотипы, пропорциональна количеству мутационных шагов (указаны насечками). CP – сибирские косули, гаплотипы Hap_1, Hap_3, Hap_31–45 – Cp41, Cp42, Cp38–Cp40 и Cp43–Cp54 соответственно (NCBI); CC – европейские косули, гаплотипы Hap_7–30 – Spain, L1–L24 соответственно (NCBI); CPR – косули из Пензенской области, гаплотипы Нар_1 (Cap1, Cap3, Cap5, Cap6, Cap7, Cap9, Cap10, Cap12, Cap14, Cap15, Cap16), Hap_2 (Cap2), Hap_3 (Cap4), Hap_4 (Cap8, Cap17), Hap_5 (Cap11, Cap13), Hap_6 (Cap18), номера те же, что и в табл. 1